南溪书院古朴庄严，现建筑面积1000平方米，有韦斋祠、观书第、毓秀坊、毓秀亭等建筑。正堂当中立朱熹石膏塑像，两旁是朱子手书板联四幅：“读书起家之本　和顺齐家之本　勤俭治家之本　循理保家之本”。四壁高悬其上溯八代列祖列宗画像。

书院内的方塘，为朱熹幼年读书处。朱熹《观书有感》诗曰：“半亩方塘一鉴开，天光云影共徘徊；问渠那得清如许，为有源头活水来”。其中的“半亩方塘”即指此处。明弘治十一年(1498年)，知县方溥主持，把半亩方塘扩大浚深，并建亭于塘上，通以石桥，取名“活水亭”，今皆修复。

南宋宝祐五年（公元1253年），理宗皇帝为朱熹诞生地御笔亲书“南溪书院”匾额，至此，南溪书院就闻名于天下。